L’altare maggiore, concepito come una magnifica macchina lignea policroma con finiture dorate, conserva nella cimasa centrale una piccola e deliziosa tela di Francesco Allegrini, raffigurante la Trinità, eseguita nel 1675. In alto Dio apre le braccia sulla croce del Figlio morente, mentre lo Spirito Santo si manifesta come un’intensa luce aurea alle loro spalle. Due angeli in posa orante, l’uno con lo sguardo rivolto al cielo, l’altro con le mani incrociate sul petto, completano la scena. Al centro dell’altare è collocata la pala di Francesco Allegrini raffigurante l’Annunciazione (1655 ca).Ai lati dell’altare, incorniciati in stucchi ovali, troviamo due dipinti a tempera sempre di Francesco Allegrini, raffiguranti due santi molto cari agli eugubini: a destra Sant’Ubaldo, in posa benedicente, e a sinistra San Giovanni Battista recante il cartiglio con la scritta: ECCE AGNUS DEI. Sulla volta, in tre elaborate cornici a stucco con doratura a mecca, troviamo le tre virtù teologali: Fede, Speranza e Carità. Iniziando dall’ingresso:

1. L’Allegoria della Fede si manifesta in una profusa luce divina, rappresentata da una maestosa figura femminile dall’espressione estatica, che regge con la mano sinistra la croce e con la destra una fiamma che indica, appunto, la luce della fede. Ai lati della cornice troviamo due conchiglie, adottate dal cristianesimo come simboli di rinascita e di purificazione spirituale; pertanto riferite al battesimo e al pellegrinaggio. Fonti battesimali e oggetti legati a questo rito, infatti, hanno spesso la forma di una conchiglia. Allo stesso modo, per secoli, la conchiglia è stata segno distintivo del pellegrino, il quale, attraverso il cammino, compie un viaggio di purificazione interiore.
2. L’Allegoria della Speranza è circoscritta da una ricca cornice adorna di festoni, fiori e frutti, dove un’immagine femminile contornata da angeli, è rappresentata con una ghirlanda sul capo, che allude alla speranza di gloria futura, mentre nella mano destra porta un ramo di cedri. Troviamo un cedro anche in mano a due angeli. La Speranza presenta sul volto il sorriso leggero della letizia, ed è dipinta con l’espressione di chi anela al Paradiso, la corona degli “atleti di Dio”, che due angeli in alto stanno preparando. Tra i simboli iconografici della Speranza figura un corvo, attributo assegnatole dai romani per l’assonanza del suo verso con il latino “cras, cras” (domani, domani). Non a caso, il volatile è legato ad una funicella in mano ad un angelo perché non si perda.
3. L’Allegoria della Carità è una figura femminile che distribuisce pane, secondo un’iconografia affermatasi attorno al XVI secolo, e decisamente appropriata per la sede di una Confraternita che aveva tra i suoi scopi principali quello dell’aiuto ai più bisognosi. Ma è anche un richiamo al “pane eucaristico”: “Io sono il pane vivo, disceso dal cielo. Se uno mangia di questo pane vivrà in eterno e il pane che io darò è la mia carne per la vita del mondo” (Gv. 6,51). In basso è rappresentato il pellicano che nutre i suoi piccoli con il proprio sangue, un attributo frequente nelle raffigurazioni della Carità.